身代わり忠臣蔵

お兄様、今度は深雪が主役です。--魔法。それが現実の技術となってから一世紀弱。魔法を保持・行使する「魔法師」の育成機関、通称「魔法科高校」。若い才能たちが日々研鑽に励むこの学園に今春、とある少女が入学する。才色兼備で完全無欠な優等生--彼女の名は、司波深雪。個性豊かなクラスメイトやライバルたちと繰り広げられる青春スクールマギクス、ここに開幕！

引きこもりのダメニートが、かわいい女の子に…！？引きこもりのダメニートな緒山まひろは、ある日目覚めると“女の子”になっていた！？鏡に映る美少女が自分だと分からず混乱するまひろのもとに、飛び級で大学に入学した天才科学者である妹・緒山みはりが現れ、飲み物に怪しげな薬を盛られていたことが判明する…！

2043年7月15日、各々のプレイヤーによって千差万別、否、“無限”のパターンの進化を辿る独自のシステム＜エンブリオ＞を有するダイブ型VRMMO＜Infinite Dendrogram＞が発売された。それまでのVRMMOが実現できず、技術的に不可能とされてきた要素を備えていた＜Infinite Dendrogram＞は瞬く間に…。

U-17（アンダーセブンティーン）日本代表合宿に参加した越前リョーマだったが、合宿の規範を破ったとされ退去を命じられてしまう。合宿所を後にしたリョーマは兄である越前リョーガの誘いでアメリカ代表として、「U-17 WORLD CUP」に参戦することを決める。プロとなるためドイツに渡った手塚と、アメリカ代表となったリョーマが日本代表の敵となる中…。