Dr.STONE STONE WARS（第2期） 第03話

第1話 STONE WARS BEGINNING／人類が謎の現象により石化して数千年--。文明が滅びた石の世界（ストーンワールド）で一人目覚めた千空は、超人的な頭脳と科学の力で、ゼロから文明を作り出していく。そんな中、武力で科学を制圧しようとする獅子王司に対抗する為、千空は科学王国の仲間と共に、情報戦の最強武器“携帯電話”を完成させた！

第2話 HOT LINE／ついにストーンウォーズ開戦の火蓋が切られた！完成したケータイを密かに司帝国に設置する為、まずは司軍の監視役・ほむらの捕獲作戦を実行する。音爆弾でほむらを誘導し、科学のびっくりドッキリアイテム“閃光玉”を炸裂させる千空！しかし、体操選手の様な素早い動きのほむらを、あと一歩の所で逃がしてしまう。

第3話 死者からの電話／司軍の監視役・ほむらを捕まえ、ついに科学王国と司帝国を繋ぐ“ホットライン”が開通！司帝国にスパイとして潜入していた大樹と杠とも、1年ぶりに電話越しの再会を果たした千空。一方、司帝国で弓使いの見張り役・羽京に見つかってしまったクロム達。なんとか科学王国に舞い戻ったゲンは、早速、極秘の偽リリアン大作戦をスタート。

第4話 全軍出撃／千空とゲンの極秘作戦で、まずは司軍の監視役・ニッキーを仲間に引き入れた。リリアンのガチファン・ニッキーによるスパルタ特訓で、更に仲間を増やそうと企む千空達。しかし、村に戻ったマグマから、クロムが司軍に捕まったと聞き、救出の準備を急ぐ！一方、羽京に捕まり、奇跡の洞窟へと連行されたクロム。

第5話 STEAM GORILLA／大量の科学グッズを司帝国に運ぶ為、“自動車”を作る！と宣言した千空。蒸気機関を完成させ、竹製のタイヤを装着、科学の怪力モンスター“スチームゴリラ号”が誕生した！村に残る老人達に、必ず勝利して帰る事を約束し、司帝国へ出発する千空達。名探偵スイカの偵察により、クロムが竹の牢に幽閉されていると知った千空は…。

第6話 PRISON BREAK／司軍との戦闘に備え、スチームゴリラ号を自動車から防御力最強の“戦車”へ、大改造する千空達。一方、司帝国に幽閉中のクロムは、千空達の助けを待たず、自力での脱獄を企てる。元警察官の牢屋番・陽が監視する中、クロムは脱獄への手がかりとなりそうな材料集めを開始。科学使いのプライドを賭けた、決死の脱獄劇を決行する……！

第7話 極秘のミッション／科学の知識で司軍の牢屋番・陽を出し抜き、見事自力での脱獄を果たしたクロム。一方、ケータイを使った偽リリアン大作戦で、着々と仲間を増やすゲン達。しかし、耳が異常に良い羽京にレコードの歌を聞きつけられ、その声がゲンによる偽物とバレてしまう。絶対絶命の千空達に、羽京は杠の“極秘のミッション”を目撃した事から…。

第8話 FINAL BATTLE／大樹・杠とも合流を果たし、ついに、VS司帝国の最終決戦に臨む千空達。火薬や復活液の材料、硝酸が取れる“奇跡の洞窟”を攻め落とす為に、与えられた時間はわずか、20秒！誰一人死なない無血開城をルールに、パワーアップしたスチームゴリラ号で一気に突撃！音響兵器・ショックキャノンも投入し、奇跡の洞窟・完全制圧に挑む！！

第9話 壊すもの救うもの／奇跡の洞窟を制圧した千空達。しかし、作戦に気づいた司と氷月の登場で、形勢逆転。切り札だった火薬作りの薬品も破壊され、二人の圧倒的な武力の前に成す術がない科学王国軍。それでもコハク達は、千空が作り出す勝利の道を信じて戦い続ける。そして、千空は残された最後の希望から、最強の科学武器を作り出し、空へと放つ…！！

第10話 人類最強のタッグ／残された材料から“ダイナマイト”を作り出し、司軍との戦いに勝利した科学王国。千空は、一時停戦を条件に、脳死状態の司の妹・未来を復活させると約束する。石像を見つけ出し、復活液により命を吹き返した未来と、数千年ぶりの再会を果たす司。そんな中、クロムはダイナマイトが何者かによって、一つ盗まれていることに気がつく。